देशको राष्ट्रिय अर्थतन्त्र अनुकूल आन्तरिक एवं अन्तर्राष्ट्रिय व्यापार सन्तुलन कायम गर्न तथा सर्वसाधारण जनताहरुको लागि आवश्यक पर्ने दैनिक उपभोगका सामानहरु र देश विकासको लागि संचालित उद्योग व्यवसायहरुको आपूर्ति व्यवस्था मिलाउनका साथै नेपाल सरकारबाट स्वीकृत निकासी पैठारी नीतिलाई कार्यान्वयन गर्न तात्कालिन नेपाल सरकार उद्योग, वाणिज्य तथा आपूर्ति मन्त्रालय अन्तर्गत वाणिज्य विभागको गठन भएको हो । २०१६ साल पौष २० गते नेपाल गजेट भाग ४ खण्ड ९ मा प्रकाशित तत्कालिन नेपाल सरकार,उद्योग तथा वाणिज्य मन्त्रालयको संगठन संरचना अनुसार सो मन्त्रालय अन्तर्गत रहेको सिभिल सप्लाइज विभाग र सेन्ट्रल पर्चेज डिपार्टमेन्ट दुबैलाई संयुक्त गरी वाणिज्य विभागमा परिणत गरे पश्चात हालको वाणिज्य तथा आपूर्ति व्यवस्थापन विभागको स्थापना भएको हो । विगतमा उद्योग तथा वाणिज्य मन्त्रालय र त्यस पछि वाणिज्य तथा आपूर्ति मन्त्रालय अन्तरगत रही कार्य गर्दै आएको यो विभाग २०४२ साल देखि वाणिज्य मन्त्रालय अन्तर्गत रहेको थियो । वि.सं. २०५७ देखि यो विभाग उद्योग, वाणिज्य तथा आपूर्ति मन्त्रालय अन्तर्गत रही आएकोमा मिति २०६५।०५।१५ देखि वाणिज्य तथा आपूर्ति मन्त्रालय अन्तर्गत रही आएको छ । नेपाल सरकार मन्त्रीपरिषदको मिति ०६९।२।१२ को निर्णय अनुसार विभागको पुर्नसंरचना भई यसको नाम हाल वाणिज्य तथा आपूर्ति व्यवस्थापन विभाग कायम भएको मा नेपाल सरकार, मन्त्रीपरिषदको मिति २०७२ पौष २९ को निर्णयानुसार वाणिज्य र आपूर्ति मन्त्रालय अलग भए पश्चात् वाणिज्य मन्त्रालय अन्तरगत रही वाणिज्य विभाग कायम हुन आएको छ । शुरुमा सिंहदरवार र त्यसपछि लालदरवारमा रहेको यो विभाग त्यसपछि भाडामा ज्याठा, वागवजार हुँदै २०४२ सालदेखि विजुली वजारमा भाडामा बस्दै आइरहेकोमा २०५७ साल देखि बवरमहल स्थित सरकारी भवनमा रहदै आएको छ ।